В 30 годы 20-го столетия Егия Капай была закрыта под общим давлением со стороны партийной элиты города и общего в стране культа Атеизма. Под закрытие попала не только синагога, но и храмы и мечети. Егия Капай переоборудовали в складское помещение (внутренние интерьеры были полностью утрачены в ходе переоборудования) и передали в собственность городской управы.По состоянию на 1932 г. - еврейская ремесленная синагога в г. Евпатория не функционировала.. Сведения о точной дате закрытия синагоги отсутствуют. В нелегкие дни Второй мировой, господствовавшей на полуострове в 1942 — 1944 годах, в знак пренебрежения к ценностям сынов Израилевых оккупационные войска и вовсе устроили в храмовом здании евпаторийской общины стойла для содержания лошадей (документальные сведения не найдены), уничтожив последние остатки былой красоты.
После войны здание переходило из рук в руки и под конец пришло в аварийное состояние. Его практически готовили под снос. Благодаря еврейской общине города, вмешавшейся в столь кощунственное мероприятие, синагогу удалось спасти и не только спасти, но и началась ее реконструкция. 20 февряля 1990 г.-синагога Егия Капай признана памятником архитектуры.
13 апреля 1999 p. - здание синагоги возвращено в собственность еврейской религиозной общине г. Евпатория
16 августа 2003 года синагогу Егия Капай открыли для молитв. И снова общими усилиями начался, продолжающийся и сейчас, процесс восстановления достопримечательности города.