Выбор земельного участка для строительства был не случаен. В 1830 данный земельный участок числится в перечне имущества Главной (купеческой) синагоге как пустопорожнее подворье. К 1846 году в данном подворье находились жилые дома евреев, а также ремесленные строения. В частности, на данном земельном участке уже располагался молитвенный дом евреев («Теплый дом»), строения конюшен и подсобные помещения. Здание синагоги планировалось возвести между молитвенным домом (Теплый дом) и конюшнями.
Синагога имеет в плане базиликальную форму. Она ориентирована своим входом на запад, на ул. Просмушкина (б. Пролетная). Постройка сложена из желтого мамайского известняка на извести с выделением швов - в виде правильной перевязи - структуры каменной кладки с чередованием узких и широких рядов. Двумя рядами металлических столбов внутреннее пространство делится на три нефа, над боковыми из них, так же как и над входом, располагались хоры. Центральный неф выступал из общего объема, имел двухскатную кровлю, а по сторонам — над кровлей боковых нефов — круглые окна. Он оформлен по торцам в виде полуфронтона с парапетом, переходящим в аттик в центре, Под карнизом всех нефов — со стороны входов — имитирован аркатурный поясок. Над каждой из трех дверей переброшены выступающие за контуры стен стреловидные арки. Боковые нижние окна здания — прямоугольные с клинчатым перекрытием. Постройка сложена из желтого мамайского известняка на извести с выделением швами — в виде правильной перевязи — структуры каменной кладки с чередованием узких и широких рядов.
До 1930-х гг. еврейское сообщество Евпатории жило спокойно, в будни каждый занимался каким-то ремеслом, а в субботу и праздники собирались на общественный молебен. Но борьба с религией повлекло за собой ликвидацию еврейских учреждений и организаций. В это время закрыли синагогу и использовали ее, как продовольственный склад .
Во время Второй мировой войны немецко-фашистская власть и вовсе устроили здесь конюшню. Восстановительные работы начались в 1999 г. при поддержке Всемирного Союза Прогрессивного Иудаизма.
К 2500-летию г. Евпатория открыли главный входной портал, а на дверном косяке укрепили мезузу (свиток с молитвой).
В 2008 г. установили специальное хранилище для свитков Торы – Арон Кодеш. Его изготовили согласно истории и традициям евреев. Девятого июня 2017 года в евпаторийской синагоге «Егия Капай» министр курортов и туризма Республики Крым, глава города Евпатория и президент Всекрымского еврейского конгресса торжественно открыли символическую Малую Стену плача. Свое название она получила потому, что около нее евреи оплакивают Первый и Второй храмы, разрушенные оба в один день, но в разные годы.
К знаменитой Стене плача в Израиле люди несут свои записки с молитвой Богу и оставляют их в расщелинах между камнями. Раз в месяц записки из Евпатории будут передавать к иерусалимской Стене плача.